Agents contractuels de la fonction publique hospitalière : affiliation aux caisses primaires d’assurance maladie pour les risques AT/MP

21.01.2026

Quel que soit leur effectif, les établissements publics de santé doivent affilier leurs agents contractuels de la fonction publique hospitalière aux caisses primaires d’assurance maladie pour les risques accidents du travail et maladies professionnelles.

L’arrêt rendu par la deuxième chambre civile de la Cour de cassation le 4 décembre 2025 apporte un éclairage attendu sur l’affiliation des agents contractuels de la fonction publique hospitalière au régime général de sécurité sociale pour les risques accidents du travail et maladie professionnelle.

Rappel du régime spécifique des établissements publics de l’État pour les risques accidents du travail et maladies professionnelles

Les établissements publics de l’État sont exonérés de verser des cotisations accidents du travail-maladies professionnelles au régime général de sécurité sociale pour leur personnel, dans la mesure où ceux-ci ont une gestion directe de la couverture et du risque en la matière. Ce principe d’auto-assurance résulte de l’article L. 413-14 du code de la sécurité sociale, qui dispose que les prestations d’accident du travail et de maladie professionnelle sont versées par les établissements publics de l’État directement à leur personnel. Une exception est prévue par le même texte, s’agissant des établissements publics de moins de 1 000 agents, qui doivent affilier leurs agents contractuels au régime général de sécurité sociale pour la couverture accidents du travail et maladies professionnelles.

Le conflit de normes internes s’agissant des établissements publics de santé employant des agents contractuels de la fonction publique hospitalière

Un régime spécifique régit les agents contractuels de la fonction publique hospitalière, résultant de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 et du décret n° 91-155 du 6 février 1991, qui définissent le statut, les conditions d’emploi et les règles de protection sociale des agents contractuels de la fonction publique hospitalière. À ce titre, le 1° de l’article 2 du décret n° 91-155 du 6 février 1991, dans sa rédaction résultant du décret n° 2011-257 du 9 mars 2011 soumise au litige – et inchangée sur ce point à date –, dispose que les agents contractuels sont, dans tous les cas, sauf dispositions contraires, affiliés aux caisses primaires d’assurance maladie pour les risques maladie, maternité, invalidité, décès et accidents du travail et maladies professionnelles.

Or, la loi n° 2009-879 du 21 juillet 2009 a intégré les établissements publics de santé au droit commun des établissements publics de l’État, sans que ne soit précisée l’articulation de ce droit commun avec le statut spécifique des agents contractuels de la fonction publique hospitalière. Pourtant, lorsqu’un établissement public de santé emploie des agents contractuels de la fonction publique hospitalière et a un effectif d’au moins 1 000 agents, il existe un conflit de normes manifeste entre l’article 2 du décret du 6 février 1991 susvisé, et l’article L. 413-14 du code de la sécurité sociale. D’une part, le décret du 6 février 1991, ne distinguant pas selon les effectifs, impose l’affiliation systématique des agents contractuels de la fonction publique hospitalière au régime général de sécurité sociale au titre des accidents du travail et des maladies professionnelles, quel que soit l’effectif de l’établissement. D’autre part, le principe d’auto-assurance prévu à l’article L. 413-14 du code de la sécurité sociale, applicable aux établissements publics de santé depuis la loi du 21 juillet 2009, exonère de cette affiliation les agents contractuels des établissements comptant 1 000 agents ou plus. L’apport de l’arrêt commenté tient à la clarification apportée sur ce conflit de normes internes.

La confirmation du statut spécifique des agents contractuels de la fonction publique hospitalière

En l’espèce, un centre hospitalier public employant plus de 1 000 agents considérait relever du principe d’auto-assurance résultant de l’article L. 413-14 du code de la sécurité sociale et, à ce titre, devoir assurer directement ses agents contractuels en ce qui concerne la couverture accident du travail et maladie professionnelle. Le centre hospitalier public soutenait que l’article L. 413-14 du code de la sécurité sociale dérogeait au régime d’affiliation des agents contractuels de la fonction publique hospitalière fixé par le décret du 6 février 1991. Le centre hospitalier soulignait que l’article 2 du décret prévoyait expressément la possibilité d’une telle dérogation, en prévoyant que les agents contractuels sont affiliés aux caisses primaires d’assurance maladie « sauf disposition contraire ». En conséquence, le centre hospitalier estimait avoir indument versé des sommes au titre des cotisations pour les risques accidents du travail et maladies professionnelles de ses agents contractuels, et en sollicitait le remboursement auprès de l’URSSAF.

La Cour d’appel d’Orléans (Orléans, 22 nov. 2022, n° 20/01463) avait rejeté la demande de restitution des sommes versées par le centre hospitalier au titre des cotisations accidents du travail et maladie professionnelles de ses agents contractuels. Les juges du fond avaient considéré que l’article L. 413-14 du code de la sécurité sociale édictait une règle générale relative au personnel de l’État, de ses services, offices et établissements publics, et non une exception aux règles d’affiliation des agents contractuels de la fonction publique hospitalière. Ils relevaient, qu’à l’inverse, un droit spécial avait été édicté pour les agents contractuels de la fonction publique hospitalière, par la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 et par le décret n° 91-155 du 6 février 1991. La cour d’appel concluait en se référant à l’adage lex specialia generalibus derogeant : en cas de conflit de normes internes, la loi spéciale – régissant le statut des agents contractuels de la fonction publique hospitalière – déroge à la loi générale sur les agents contractuels des établissements publics de l’État. Les juges du fond soulignaient également qu’il n’était pas démontré que le législateur ou le pouvoir réglementaire ait, en intégrant les établissements publics de santé dans le droit commun des établissements publics de l’État, voulu déroger à la règle d’affiliation des agents contractuels au régime général prévue par le décret n° 91-155 du 6 février 1991. En conséquence, selon la cour d’appel, les agents contractuels de la fonction publique hospitalière demeurent affiliés aux caisses primaires d’assurance maladie pour les risques maladie, maternité, invalidité, décès et accidents du travail et maladies professionnelles, nonobstant l’entrée en vigueur de la loi n° 2009-879 du 21 juillet 2009 ayant fait entrer les établissements publics de santé dans le droit commun des établissements publics de l’État.

La Haute juridiction approuve le raisonnement de la cour d’appel, en soulignant l’absence de démonstration d’une volonté du législateur ou du pouvoir réglementaire de déroger à la règle d’affiliation des agents contractuels de la fonction publique hospitalière au régime général. Ainsi, les agents contractuels de la fonction publique hospitalière sont, dans tous les cas et sans qu’il y ait lieu de distinguer entre eux, affiliés aux caisses primaires d’assurance maladie pour les risques accidents du travail et maladies professionnelles. Par cette solution pragmatique, la deuxième chambre civile rappelle la limite du pouvoir d’interprétation du juge, qui ne peut résoudre un conflit de normes en prêtant au législateur une volonté non démontrée. À la lumière de cette décision, les établissements publics de santé, quel que soit leur effectif, sont invités à affilier leurs agents contractuels de la fonction publique hospitalière auprès de la caisse primaire d’assurance maladie pour les risques accidents du travail et les maladies professionnelles, afin de prévenir tout redressement social.

Civ. 2^e, 4 déc. 2025, F-B, n° 23-10.525

par Marion Roberti, Avocate Counsel, Littler France